Salut,
suite à ma formation, j'ai quelques références qui pourraient t'intéresser :
- http://www.cdiscount.com/livres-bd/livres-nature-animaux/f-105201404-9782759200306.html
- http://www.priceminister.com/offer/buy/1316003/Filleul-Arnaud-Poissons-D-eau-Douce-Livre.html
- fish base qui est un site internet des plus sérieux par contre pas entièrement en français
En complément cela peut t'intéresser aussi :
- écologie des eaux courantes d'Eugène Angelier qui est plutôt généraliste mais très intéressant car il permet de comprendre le fonctionnement des systèmes aquatiques
- Le "Tachet" par contre il est porté sur les macroinvertébrés : http://www.unitheque.com/nature/Invertebres_d_eau_douce_Systematique,_biologie,_ecologie-9065.html
- kmae qui est une base de données d'articles scientifiques gratuit, il faut fouiller car les articles ne sont pas toujours récents mais tu peut trouver des trucs pas mal
http://www.kmae-journal.org/